يتهم الكثيرون حزب الأمة القومي بأنه ابان الديمقراطية الثالثة، كان ضد إلغاء قوانين سبتمبر ١٩٨٣ سيئة السمعة، وانه كان ضد اتفاقية الميرغني-قرنق، وهي اتهامات غير صحيحة، فندها الإمام الراحل السيد الصادق المهدي في خطابه لزعيم الحركة الشعبية الدكتور جون قرنق في ديسمبر ١٩٩٩. نورد فيما يلي ملامح من هذا التفنيد.
ذكر المهدي في خطابه لقرنق أن حزب الامة القومي كان هو الحزب السوداني الكبير الوحيد الذي اشترك في ملتقى كوكادام والاعلان الصادر عنه في مارس ١٩٨٦، الحزبان الكبيران الآخران وهما الاتحادي الديمقراطي والجبهة الاسلامية القومية وقعا اتفاقا وقعه السيد زين العابدين الهندي والدكتور حسن الترابي وشهد عليه السيد محمد عثمان الميرغني رئيس الحزب الاتحادي فحواه: رفض اعلان كوكادام، رفض قانون القصاص الشعبي، ورفض الغاء قوانين سبتمبر١٩٨٣.
موقف حزب الامة كان مؤيداً لإعلان كوكادام ومؤيدا لقانون القصاص الشعبي ومؤيدا لإلغاء قوانين سبتمبر ١٩٨٣.
سعى حزب الأمة القومي عبر الجمعية التأسيسية للنظام الديمقراطي لتمرير موقفه، ولكن موقف الحزبين الآخرين (الحزب الاتحادي وحزب الجبهة الاسلامية) الرافض جرده من الاغلبية المطلوبة لتحقيق ذلك.
في أديس أبابا في يوليو ١٩٨٦ التقى السيد الصادق المهدي بالدكتور جون قرنق واوضح له التزام حزب الأمة القومي بإعلان كوكادام، وشرح له الموقف داخل الجمعية التأسيسية، وضرورة العمل من أجل الحصول على الأغلبية في الجمعية التأسيسية.
كان هذا اللقاء فاتحة اتصال مباشر بين القيادتين، وكان متوقعا منه ان يثمر الكثير في المستقبل، ولكن الحركة الشعبية لتحرير السودان أقدمت على فعل كارثي، حين اسقطت طائرة الخطوط الجوية السودانية المدنية فوق مدينة ملكال، وهو الفعل الذي قرر بعده مجلس الوزراء قطع الاتصالات مع الحركة الشعبية.
